Kisah gelap Steins;Gate yang tak terhitung yang mengarah dengan ilmuwan gila eksentrik Okabe, berjuang untuk pulih dari upaya gagal menyelamatkan Kurisu. Dia memutuskan untuk menyerah dan meninggalkan alter ego ilmuwannya yang hidup, dalam upaya untuk melupakan masa lalu. Ketika semuanya tampak normal, dia tampaknya ditarik kembali ke masa lalu dengan bertemu dengan seorang kenalan Kurisu, yang mengatakan kepadanya bahwa mereka telah mulai menguji perangkat yang menyimpan memori manusia dan membuat simulasi mereka dengan karakteristik dan kepribadian mereka. . Okabe memulai pengujian dan menemukan bahwa simulasi Kurisu telah membawa kembali kesedihan dan beberapa tragedi baru yang tidak terduga.
Zero adalah cerita sampingan yang mengeksplorasi peristiwa dari masa depan Lapangan Penarik Beta yang berkontribusi dalam mengakhiri cerita aslinya mungkin.
